消灭了陈友谅，南方群雄之中再也无人能和朱元璋争锋，早在朱元璋攻占南京以后，就把南京作为兴业的根据地，在城内筑应天府城，新建吴王宫殿，准备建国登基。 [11]  元至正二十四年（1364年）正月，即吴王位，史称西吴王，西吴政权，与位于平江的东吴王张士诚相区别。至此正式明确了朱元璋与诸将的君臣关系，并逐步建立国家制度。朱元璋通过改制，创立了军权归于他直接控制的行中书省，而行枢密院无兵权的制度体系。 [12]  还注重军纪和司法，提出过“纪纲法度，为治之本”的主张。 [13] 

接着朱元璋攻灭了张士诚，不久方国珍也不战而降，这就奠定了朱元璋完成帝业的基础。此后，他依靠江南雄厚的财力，倚仗训练有素、纪律严明的强大军队，南征北伐，取得了节节胜利。 [10]